Ампликоны - продукты ПЦР, синтезируемые в процессе амплификации копии ДНК-мишени.

Амплификация (лат. amplificatio — усиление, увеличение). В молекулярной биологии — увеличение числа копий ДНК. В клетке амплификация происходит в результате репликации ДНК, в искусственных условиях увеличения числа копий ДНК добиваются с помощью полимеразной цепной реакции. Процесс многократного копирования специфического участка ДНК (кДНК), ограниченного (фланкированного) праймерами.

Асимметричная мультиплексная полимеразная цепная реакция - полимеразная цепная реакция, где в одной пробирке с участием нескольких пар праймеров одновременно амплифицируются разные последовательности анализируемой ДНК, причем количество одного из праймеров каждой пары в несколько раз превышает количество другого праймера.

Бактериофаг. Вирус, инфицирующий бактерии.

Биологический микрочип - микроматрица с ячейками, в которых иммобилизован набор олигонуклеотидов.

Вирион. Вирусная частица

Ген (Gene). Транскрибируемый участок хромосомы, кодирующий функциональный белок, либо тРНК или рРНК.

Генетическая конструкция - генно-инженерная последовательность ДНК, вносимая в геном растения, обычно один или несколько генов, маркерные гены и регуляторные последовательности (промотор и терминатор).

Генетический код (Genetic code). Система записи генетической информации в виде последовательности нуклеотидов, в которой каждые три нуклеотида, составляющие кодон, кодируют одну аминокислоту. Состоит из 64 кодонов, кодирующих все 20 аминокислот и три терминирующих кодона.

Генетически модифицированный микроорганизм (ГММ) - микроорганизмы (бактерии, дрожжи и др.), в которых генетический материал (дезоксирибонуклеиновая кислота) изменен с использованием методов генной инженерии.

Генетически модифицированный организм (ГМО) - организм или несколько организмов, любые неклеточные, одноклеточные или многоклеточные образования, способные к воспроизводству или передаче наследственного генетического материала, отличные от природных организмов, полученные с применением методов генной инженерии и содержащие генно-инженерный материал, в т.ч. гены, их фрагменты или комбинацию генов.

Генная инженерия - совокупность методов и технологий, в т.ч. технологий получения рекомбинантных рибонуклеиновых и дезоксирибонуклеиновых кислот, по выделению генов из организма, осуществлению манипуляций с генами и введению их в другие организмы.

Генно-инженерная деятельность - деятельность, осуществляемая с использованием методов генной инженерии и генно-инженерно-модифицированных (генно-модифицированных) организмов.

Геном (Genome).  Совокупность генов гаплоидного набора хромосом данного организма.

Гибридизация (Hybridization). Отжиг двух полинуклеотидных цепей, часто из разных источников, с образованием ДНК/РНК или ДНК/ДНК гибридов, стабилизируемых водородными связями.

3!гидроксильная группа. Гидроксильная группа, связанная с 3!-атомом углерода сахарного остатка ( рибозы или дезоксирибозы) концевого нуклеотида молекулы нуклеиновой кислоты.

Гуанин (G, Guanine). Пуриновое основание, комплементарное цитозину. Одно из четырех азотистых оснований, входящих в состав ДНК или РНК.

Дезоксирибоза ( Deoxyribose). Пятиуглеродный моносахарид, входящий в состав ДНК.

Дезоксирибонуклеиновая кислота, ДНК. Полимер, состоящий из дезокрибонуклеотидов. Видоспецифический носитель генетической информации.

Денатурация (Denaturation). 1. Расхождение цепей двухцепочечной молекулы ДНК или РНК. 2. Нарушение нативной конформации биологических макромолекул в результате разрушения нековалентных (водородных) связей.

ДНК-зонд (DNA-probe). Фрагмент ДНК, меченный тем или иным способом и использующийся для гибридизации со специфическим участком в молекуле ДНК. Позволяет идентифицировать комплементарные ему нуклеотидные последовательности.

ДНК-полимераза (DNA-polymerase). Фермент, катализирующий синтез полинуклетидной цепи из отдельных нуклеотидов с использованием другой цепи в качестве матрицы и ДНК-затравки со свободной 3!–ОН-группой.

ДНК-полимераза Taq (Taq DNA-polymerase). Термостабильная ДНК-полимераза ( сохраняет активность при 950С) бактерии Thermus aquatucus . Часто применяется в методе ПЦР.

Зонд (Probe). 1. Соединение, меченное тем или иным способом и использующееся для выявления родственных биохимических молекул в сложном образце. 2. Олигонуклеотид, использующийся для выявления комплементарных последовательностей с помощью гибридизации.

Интеграция (Integration). Встраивание чужеродной ДНК (обычно с помощью гомологичной рекомбинации) в хромосому клетки хозяина.

Интрон (Intron). Транскрибируемый участок гена, не содержащий кодонов и вырезаемый из первичного транскрипта в ходе процессинга с образованием функциональной РНК.

Капсид (Capsid). Белковая оболочка вирусной частицы

Комплементарная ДНК, кДНК. Молекула ДНК, синтезированная на РНК-маирице с участием РНК-зависимой ДНК-полимеразы (обратной транскриптазы).

Комплементарные нуклеотидные последовательности. Полинуклеотидные последовательности, которые взаимодействуют между собой в соответствии с правилами спаривания оснований: аденин (А) образует пару с тимином (Т) (или урацилом (У) в РНК), гуанин (Г) – с цитозином (Ц).

Лизис. Разрушение клеточных стенок под действием ферментов, содержащихся в лизосомах, или других агентов.

Маркер генетический - признак микробной клетки (устойчивость к антибиотикам или другим ингибиторам, зависимость от определенного метаболита и др.), используемый в качестве метки при изучении генетических процессов.

Матричная РНК, мРНК (Messenger RNA). Молекула РНК, в которой заключена информация об аминокислотной последовательности определенной белковой молекулы.

Матричная цепь (Template strand). Цепь ДНК или другой полинуклеотид, использующийся ДНК-полимеразой в качестве матрицы для синтеза комплементарной цепи.

Мишень (Т
aget). В самом широком смысле – биологический объект (ткань, молекула, клетка, микроорганизм), которая интересует исследователя.

Мобильный генетический элемент (Transposable element). Участок ДНК, способный изменить свое положение в геноме. Среди таких элементов различают IS-элементы и транспозоны.

Молекулярная диагностика. Выявление молекулярно-биологическими методами патогенного микроорганизма, специфического вещества или измененной нуклеотидной последовательности, ответственных за то или иное заболевание.

Нуклеаза S1. Фермент, специфически расщепляющий одноцепочечную ДНК с образованием 5'-фосфорилированных моно- и олигонуклеотидов.

Нуклеозид (Nucleoside). Пуриновое или пиримидиновое азотистое основание, ковалентно связанное с пятиуглеродным сахаром ( пентозой) Если сахаром является рибоза, то мы имеем дело с рибонуклеозидом, а если дезоксирибоза, то с дезоксирибонуклеозидом.

Нуклеотид (Nucleotide). Нуклеозид, к которому присоединена одна или более фосфатных групп; присоединение происходит по 5’-углеродному атому сахарного кольца.

Обратная транскриптаза (Reverse transcriptase). РНК-зависимая ДНК-полимераза, использующая молекулу РНК в качестве матрицы для синтеза комплементарной цепи ДНК.

Обратная транскрипция - полимеразная цепная реакция (Reverse transcription-polymerase chain reaction). Способ получения в большом количестве кДНК, состоящий из двух этапов. Вначале in vitro синтезируют кДНК, используя обратную транскриптазу, мРНК в качестве матрицы и oligo (dT) в качестве праймера. Затем кДНК амплифицируют с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР), используя два праймера: один комплементарен участку первой цепи кДНК, а второй – другой цепи, комплементарной первой.

Олигонуклеотид. Короткий сегмент одноцепочечной ДНК. Обычно получают химическим путем.

Отжиг (Annealing). Процесс образования двухцепочечных молекул (ДНК-ДНК или ДНК-РНК) из одиночных полинуклеотидных комплементарных цепей.

Первичный транскрипт (Primary transcript). Молекула РНК, транскрибированная с эукариотического структурного гена не подвергавшаяся процессингу ( т.е. содержащая все экзоны и интроны).

Пиримидины (Pyrimidine). Один из двух типов азотистых оснований, входящих в состав нуклеиновых кислот; к пиримидинам относятся тимин, цитозин и урацил. Второй тип оснований – пурины; к ним относятся аденин и гуанин.

Плазмида (Plasmide). Внехромосомный генетический элемент, способный к длительному автономному существованию и репликации. Это двухцепочечная кольцевая ДНК длиной 1-200тыс п.о.

Полимеразная цепная реакция , ПЦР (Polymerase chain reaction). Метод амплификации специфического сегмента ДНК с помощью термостабильной ДНК-полимеразы с использованием олигонуклеотидных ДНК-зондов, комплементарных последовательностям противоположных цепей ДНК, фланкирующим амплифицируемый сегмент. Процесс состоит из серии циклически повторяющихся реакций: денатурации ДНК, отжига зондов, синтеза ДНК.

Полинуклеотид. Линейный полимер, состоящий из 20 и более нуклеотидов, соединенных друг с другом фосфодиэфирными связями. Полинуклеотидами являются, например, молекулы ДНК и РНК.

Праймер - искусственно синтезированная последовательность олигонуклеотидов, комплементарная соответствующим участкам ДНК-мишени, применяемая для проведения полимеразной цепной реакции.

Прокариоты (Procaryotes). Организмы, у который нет ограниченных мембранами ядра и органелл. К прокариотам относятся все бактерии.

Промотор - последовательность нуклеотидов в молекуле ДНК, ответственная за начало транскрипции.

Протеиназы, протеолитические ферменты (Protease). Ферменты, расщепляющие пептидные связи в белковых молекулах.

Процессинг (Processing). Совокупность процессов образования зрелых молекул РНК и белков в клетке. Включает ряд последовательных расщеплений молекулы-предшественника эндонуклеазой или протеиназами.

Пурины (Purine). Один из двух типов азотистых оснований, входящих в состав нуклеиновых кислот; к пуринам относятся аденин и гуанин. Второй тип оснований – пиримидины; к ним относятся тимин, урацил и цитозин.

Рекомбинантная ДНК - молекула ДНК, полученная в результате объединения in vitro чужеродных (в природе никогда вместе не существующих) фрагментов ДНК с использованием методов генной инженерии.

Рекомбинация генов - процесс генетического обмена (в т.ч. методами генной инженерии) между двумя клетками, отличающимися между собой одним или несколькими генетическими маркерами.

Ренатурация (Renaturation). Воссоединение цепей двухцепочечной ДНК, разошедшихся при денатурации.

Репликация (Replication). Процесс самовоспроизведения (синтеза) ДНК.

Рибоза (Ribose). Пятуглеродный моносахарид. Входит в состав РНК.

Рибонуклеиновая кислота , РНК (Ribonucleic acid RNA). Нуклеиновая кислота, состоящая из рибонуклеотидов, у которых сахаром является рибоза, а одним из пиримидинов – урацил ( вместо тимина ).

Рибосома (Ribosome). Клеточная органелла, рибонуклеопротеидная частица, при участии которой осуществляется синтез белка (трансляция). Состоит из двух субчастиц, большой и малой.

Рибосомная РНК, рРНК (Ribosomal RNA, rRNA). РНК, входящая в состав рибосом.

Селективные маркеры генетических модификаций - последовательности нуклеотидов, используемые в качестве метки при генетических манипуляциях (в составе генных конструкций), которые позволяют выявить участки рекомбинантной ДНК и свидетельствуют об ее присутствии в технологической микрофлоре и/или в пищевой продукции, полученной из/или с использованием технологической микрофлоры.

Сплайсинг (Splicing). Вырезание из предшественника мРНК интронов и ковалентное соединение экзонов с образованием зрелых молекул мРНК.

Температура плавления, Тm (Melting temperature). Температура при которой происходит разрыв половины водородных связей в полинуклеотидном дуплексе.

Терминатор - последовательность нуклеотидов в молекуле ДНК, ответственная за прекращение транскрипции.

Тимин, Т(Thymine). Пиримидиновое основание; одно из четырех азотистых оснований, входящих в состав ДНК.

Транскрипт (Transcript). Молекула РНК, синтезированная на специфической ДНК как на матрице.

Транскрипция (Transcription). Процесс синтеза РНК, катализируемый РНК-полимеразой, в котором в качестве матрицы используется одна из цепей ДНК.

Трансляция (Translation). Синтез полипептидной цепи рибосомой с использованием в качестве матрицы мРНК.

Транспортная РНК, тРНК (Transfer RNA). Молекула РНК , выступающая в роли адаптера при специфическом переносе аминокислот к растущей полипептидной цепи в процессе трансляции.

Трансформация (Transformation). 1. Перенос генетической информации в бактериальные клетки с участием плазмид или без них, но всегда – без участия вирусов; часто приводит к изменению фенотипа реципиентной клетки. 2. Превращение нормальных клеток животных в опухолевые.

Урацил ,U (Uracil). Пиримидиновое основание; одно из четырех азотистых оснований, входящих в состав РНК.

Фосфодиэфирная связь (Phosphodiester bond). Связь между фосфатными группами при 3’- и 5’- углеродных атомах соседних нуклеотидов одной полинуклеотидной цепи.

Хромосома (Chromosome). Структура, основу которой составляет конденсированная молекула ДНК; носитель генетической информации. Способна к воспроизведению с сохранением структурно-функциональной индивидуальности в ряду поколений. У эукариот находится в ядре клетки, у прокариот – непосредственно в цитоплазме.

Целевой ген - ген, который используется для генно-инженерной модификации микроорганизма с целью изменения его свойств, в т.ч. нуклеотидная последовательность рекомбинантной ДНК конкретного ГММ.

Цитозин (C, Cytosine). Одно из четырех азотистых оснований , входящее в состав ДНК и РНК.

Экзон (Exon). Участок гена, входящий в состав первичного транскрипта, который остается в нем после процессинга (вырезания интронов). Вместе с другими экзонами образует зрелую РНК.

Элонгация (Elongation). Последовательное присоединение мономеров к полимерной цепи.

Эукариоты (Eukaryotes). Организмы у которых: 1) имеется ядро, где содержатся хромосомы; 2) в цитоплазме присутствуют различные органеллы – митохондрии, хлоропласты и т.п. К эукариотам относятся животные, растения, грибы, некоторые водоросли.