Компании QIAGEN и CosmosID присоединились к консорциуму Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes - MetaSUB (Метагеномика и Метадизайн Биомов метрополитенов и городов) - международной пятилетней программе во главе с Weill Cornell Medicine, направленной на картирование геномов и эпигеномов микроорганизмов 54 городов в 32 странах.

QIAGEN предоставляет для проекта технологии по отбору проб и конструированию библиотек, выделению и подготовке генетического материала для анализа. В частности, исследователи будут использовать наборы реагентов для создания библиотек ДНК серии QIAseq FX DNA. В то же время, CosmosID предоставляет вычислительные мощности и курирует базы данных более чем 65 000 бактерий, вирусов, грибов, паразитов и др., чтобы помочь исследователям оценить состав микробных сообществ в образцах, а также определить маркеры устойчивости к противомикробным препаратам (AMR).

Развитие идей PathoMap

Консорциум MetaSUB ставит своей целью оценку разнообразия микробных сообществ, характеризацию генов AMR и открытие новых кластеров генов по биосинтезу по всему миру. Он основывается на исследовании PathoMap, в ходе которого получили профиль метагенома Нью-Йорка, основываясь на пробах, взятых в метрополитене. Детали проекта приведены в докладе, опубликованном консорциумом в этом месяце в журнале Microbiome.

Проект осуществляется при поддержке NIH, а также ряда частных финансовых агентств и фондов. Список академических партнеров, участвующих в проекте включает в себя Weill Cornell Medicine, Icahn School of Medicine и Mount Sinai, а также New York University.

Кросс-исследование городских микробиомов по всему миру

В рамках проекта исследователи произведут отбор проб в зонах повышенного трафика систем общественного транспорта и в городских парках, в Нью-Йорке, Сан-Франциско, Буэнос-Айресе, Сиднее, Лондоне и в других городах. В некоторых городах исследователи также возьмут пробы сточных вод и из мест отдыха. Исследователи начнут собирать образцы в городах-участниках уже в ближайшее время.

Исследователи также оценят влияние на экологию массовых перемещений людей во время Олимпийских игр 2016 года в Рио-де-Жанейро. Образцы будут собирать до, во время и после игр, и проверят в том числе на наличие вирусов, таких как грипп и вирус Зика.

"Исследователи и лаборатории MetaSUB будут работать, чтобы создать всемирную "карту ДНК" микробов метрополитенов и других транспортных систем," - сказал Кристофер Мэйсон, доцент кафедры физиологии, биофизики и вычислительной геномики в Weill Cornell Medicine и главный исследователь по проекту MetaSUB, - "Эта пятилетняя программа даст представление об устойчивости к противомикробным препаратам микрофлоры городских районов и приведет к открытию новых кластеров биосинтетических генов, проливая свет на взаимодействие микробов и окружающей среды".

Источник: genomeweb.com

Подробную информацию о наборах реагентов QIAGEN для секвенирования следующего поколения можно получить здесь: ils-ngs.ru