Velvet de novo Assembly и FastQC — приложения, разработанные на базе BaseSpace Native App Engine, теперь доступны всем пользователям BaseSpace (by Illumina Inc.). Данные приложения являются первыми в серии BaseSpace Labs Apps.

· FastQC. Данное приложение основано на программе FastQC, разработанной группой биоинформатиков Института Бабрахама, и используется для предоставления оценки качества данных секвенирования, полученных на приборах компании Illumina. Оно предоставляет модулярное множество анализов, которые можно использовать для оценки качества и наличия ошибок в данных секвенирования перед тем как производить вторичный анализ.

· Velvet de novo Assembly. Данное приложение позволяет собирать de novo геном бактерий. Одна из ключевых особенностей этого приложения - оно оптимизировано для протоколов пробоподготовки Nextera Mate-Pair.

Планируется, что приложения в серии BaseSpace Labs Apps будут созданы специально для использования в экспериментальных исследованиях. Приложения регулярно подлежат обновлению и улучшению.

Base Space (by Illumina Inc.) – это программное обеспечение от компании Illumina для анализа данных секвенирования следующего поколения. Данное решение доступно в двух форматах – облачный сервис BaseSpace и локальный сервер BaseSpace OnSite. BaseSpace позволяет хранить, анализировать, архивировать и делиться своими данными секвенирования и при этом снабжен простым и интуитивно понятным пользовательским интерфейсом.

Дополнительная информация:

- о новых приложениях для BaseSpace в блоге Illumina 

- о BaseSpace на сайте Illumina

- о ПО для секвенаторов Illumina на сайте ils-ngs.ru