Молекулярная диагностика 2018 в Беларуси
(бесплатно для звонков по РФ) 8 (800) 100-28-84

Поиск по сайту

Каталог Партнеры Акции Новости О компании Контакты

Нормативные документы, методические пособия и рекомендации

Исследование клинического материала на наличие ДНК возбудителей ИППП и других инфекций органов репродукции методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией


Организация: ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора
Дата утверждения: 22.04.2010

ПРОВЕДЕНИЕ ПЦР С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНОЙ ДЕТЕКЦИЕЙ, АНАЛИЗ И ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ

ПРОВЕДЕНИЕ ПЦР С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНОЙ ДЕТЕКЦИЕЙ ПО «КОНЕЧНОЙ ТОЧКЕ» - ВАРИАНТ FEP

Состав
«ПЦР-комплект» вариант FEP включает:

Реагент

Описание

Объем,
(мл)

Кол-во

ПЦР-смесь-1-FL

Раствор, содержащий праймеры, дНТФ и олигонуклеотидные зонды

0,01

110 пробирок объемом 0,5 или 0,2 мл

ПЦР-смесь-2-FL-red

Буферный раствор, содержащих Taq-полимеразу, Mg2+

1,1

1 пробирка

ПЦР-смесь-Фон-red1

Буферный раствор

0,6

1 пробирка

Минеральное масло для ПЦР2

Масло, препятствующее испарению ПЦР-смеси

4,0

1 флакон

ПКО комплексный

Раствор, содержащий специфические фрагменты ДНК анализируемых микроорганизмов
(в составе генно-инженерных конструкций)

0,2

1 пробирка

ДНК-буфер

Буферный раствор

0,5

1 пробирка

Комплект реагентов рассчитан на проведение 110 реакций амплификации, включая контроли.

 

1 Реагент используется при исследовании проб ДНК, выделенных с помощью наборов «ДНК-сорб-АМ» или «ДНК-сорб-B».
2 Реагент используется при применении амплификаторов без термостатируемой крышки (например, «Терцик», «ДНК-Технология», Россия).

«ПЦР-комплект» вариант FEP-1000 включает:


Реагент

Описание

Объем (мл)

Кол-во

ПЦР-смесь-1-FL

Раствор, содержащий праймеры, дНТФ и олигонуклеотидные зонды

0,01

1100 пробирок объемом 0,5 мл

ПЦР-смесь-2-FL-red

Буферный раствор, содержащий Taq-полимеразу, Mg2+

5,5

2 флакона

ПЦР-смесь-Фон-re1

Буферный раствор

2,5

1 флакон

Минеральное масло для ПЦР2

Масло, препятствующее испарению ПЦР-смеси

40

1 флакон

ПКО комплексный

Раствор, содержащий специфические фрагменты ДНК анализируемых микроорганизмов
(в составе генно-инженерных конструкций)

1,0

1 пробирка

ДНК-буфер

Буферный раствор

0,5

2 пробирки

Комплект реагентов рассчитан на проведение 1100 реакций амплификации, включая контроли.

 

1 Реагент используется при исследовании проб ДНК, выделенных с помощью наборов «ДНК-сорб-АМ» или «ДНК-сорб-B».
2 Реагент используется при применении амплификаторов без термостатируемой крышки (например, «Терцик», «ДНК-Технология», Россия).

 

ПРОВЕДЕНИЕ РЕАКЦИИ АМПЛИФИКАЦИИ

Общий объем реакционной смеси – 30 мкл, включая объем пробы ДНК – 10 мкл.

А. Подготовка пробирок для проведения амплификации
Выбор пробирок для амплификации зависит от используемого амплификатора.
Для внесения в пробирки реагентов, проб ДНК и контрольных образцов используются одноразовые наконечники с фильтрами.

  • Отобрать необходимое количество пробирок с ПЦР-смесью-1-FL для амплификации ДНК исследуемых и контрольных проб.
  • В пробирки с ПЦР-смесью-1-FL на поверхность застывшего воска внести по 10 мкл ПЦР-смеси-2-FL-red, при этом она не должна проваливаться под воск и смешиваться с ПЦР-смесью-1-FL.
  • Сверху добавить каплю минерального масла для ПЦР (при использовании амплификатора без термостатируемой крышки).
  • Приготовить образец «Фон». Для этого в пробирку с ПЦР-смесью-1-FL на поверхность застывшего воска внести 20 мкл ПЦР-смеси-Фон-red. Сверху добавить каплю минерального масла для ПЦР (при использовании амплификатора без термостатируемой крышки).

ВНИМАНИЕ! Реагент ПЦР-смесь-Фон-red используется при исследовании проб ДНК, выделенных с помощью наборов «ДНК-сорб-АМ» или «ДНК-сорб-B». При использовании других наборов реагентов для экстракции ДНК, рекомендованных ФГУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора, необходимо следовать инструкции к используемому набору.

  • В подготовленные пробирки внести по 10 мкл проб ДНК, полученных путем экстракции из исследуемых или контрольных образцов.
  • Поставить контрольные реакции:

а) отрицательный контроль ПЦР (К-) – внести в пробирку 10 мкл ДНК-буфера.
б) положительный контроль ПЦР (К+) – внести в пробирку 10 мкл ПКО комплексного.
в) отрицательный контроль экстракции ДНК (B-) – внести в пробирку 10 мкл пробы, выделенной из ОКО.
Рекомендуется перед постановкой в амплификатор осадить капли со стенок пробирок кратким центрифугированием на центрифуге/вортексе (1-3 с).

Б. Проведение амплификации

  • Запустить на амплификаторе соответствующую программу термоциклирования «АмплиСенс-1-FEP» (см. табл. 1).
  • Когда температура в ячейках достигнет 95 °С (режим паузы), поставить пробирки в ячейки амплификатора и нажать кнопку продолжения программы.

Таблица 1

Программа «АмплиСенс-1-FEP»

 


«Терцик»

«GeneAmp PCR System 2700»

«Gradient Palm Cycler»,
«MAXYGEN»

Цикл

Температура, °С

Время

Кол-во циклов

Температура, °С

Время

Кол-во циклов

Температура, °С

Время

Кол-во циклов

0

95

Пауза

95

Пауза

95

Пауза

1

95

5 мин

1

95

5 мин

1

95

5 мин

1

2

95

2 с

35

95

20 с

20

95

2 с

24

65

5 с

65

25 с

65

10 с

72

5 с

72

30 с

72

10 с

3

95

2 с

9

95

20 с

24

95

2 с

20

60

10 с

60

30 с

60

15 с

72

5 с

72

30 с

72

10 с

4

95

2 с

1

95

20 с

1

95

2 с

1

60

10 с

60

30 с

60

15 с

5

10

Хранение

10

Хранение

10

Хранение

3. По окончании выполнения программы приступить к флуоресцентной детекции.

 

ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ ДЕТЕКЦИЯ ПРОДУКТОВ АМПЛИФИКАЦИИ ПО «КОНЕЧНОЙ ТОЧКЕ»

Детекция проводится с помощью флуоресцентного ПЦР-детектора (согласно инструкции к используемому прибору) путем измерения интенсивности флуоресцентного сигнала по используемым каналам.
При использовании комплектов реагентов для выявления ДНК одного микроорганизма проводится детекция флуоресцентного сигнала по двум каналам:

  1. по каналу FAM (или аналогичному, в зависимости от модели прибора) регистрируется сигнал о накоплении продукта амплификации фрагмента ДНК возбудителя (выявляемого микроорганизма).
  2. по каналу HEX (или аналогичному, в зависимости от модели прибора) регистрируется сигнал о накоплении продукта амплификации ДНК ВКО.

Пороговые значения для настроек тестов, используемых при проведении детекции, указаны в табл. 2 и во вкладыше к используемому комплекту реагентов.

Таблица 2

Настройки тестов – пороговые значения при использовании наборов для выявления ДНК одного микроорганизма


Наименование
теста

Порог отрицательного результата

Порог положительного результата

Chlamydia trachomatis

3,0

3,5

Neisseria gonorrhoeae-скрин

3,0

3,5

Neisseria gonorrhoeae-тест

3,0

3,5

Neisseria gonorrhoeae
(1-я реакция и 2-я реакция)

3,0

3,5

Mycoplasma genitalium

3,0

3,8

Treponema pallidum

3,0

3,5

Trichomonas vaginalis

3,0

3,8

HSV I, II

3,0

3,5

CMV

3,0

3,5

Ureaplasma species

3,5

3,5

Mycoplasma hominis

3,5

3,5

Candida albicans

3,5

3,5

Gardnerella vaginalis

3,5

3,5

для всех вышеперечисленных тестов - порог для ВКО
(по каналу HEX)

 

3,0

При использовании комплектов реагентов серии «МУЛЬТИПРАЙМ» (для одновременного выявления ДНК нескольких микроорганизмов) детекция флуоресцентного сигнала производится по трем или четырем каналам (в зависимости от используемого набора реагентов): по одному из каналов регистрируется сигнал о накоплении продукта амплификации ДНК ВКО, по остальным каналам регистрируются сигналы о накоплении продуктов амплификации фрагментов ДНК соответствующих возбудителей.
Назначение каналов для детекции и пороговые значения, задаваемые в настройках тестов для проведения детекции при использовании наборов серии «МУЛЬТИПРАЙМ», представлены в табл. 3 и 4 и вкладышах к используемым наборам реагентов.


Таблица 3

Настройки тестов: пороговые значения и назначение каналов
при использовании наборов серии «МУЛЬТИПРАЙМ»

Микроорганизм

Канал детекции для флуорофора

Порог отрицательного результата

Порог положительного результата

C.trachomatis / Ureaplasma / M.genitalium
Тест «Ch.t./Ure /M.gen.»

Chlamydia trachomatis

FAM

3,0

3,5

Ureaplasma spp.

HEX

3,5

3,5

Mycoplasma genitalium

ROX

3,0

3,8

C. trachomatis / Ureaplasma / M.hominis
Тест «Ch.t./Ure /M.hom.»

Chlamydia trachomatis

FAM

3,0

3,5

Ureaplasma spp.

HEX

3,5

3,5

Mycoplasma hominis

ROX

3,5

3,5

N. gonorrhoeae / C. trachomatis / M.genitalium
Тест «N.gon./Ch.t./M.gen.»

Neisseria gonorrhoeae

FAM

3,0

3,5

Chlamydia trachomatis

HEX

3,0

3,5

Mycoplasma genitalium

ROX

3,0

3,8

C. trachomatis / Ureaplasma
Тест «Ch.t./Ure»

Chlamydia trachomatis

FAM

3,0

3,5

Ureaplasma spp.

HEX

3,5

3,5

C.trachomatis / M.genitalium
Тест «Ch.t./M.gen.»

Chlamydia trachomatis

FAM

3,0

3,5

Mycoplasma genitalium

HEX

3,0

3,5

T. vaginalis / N. gonorrhoeae
Тест «T.v./N.g.»

Trichomonas vaginalis

FAM

3,0

3,8

Neisseria gonorrhoeae

HEX

3,0

3,5

HSV-typing
Тест «HSV-typing»

HSV II

FAM

3,0

3,5

HSV I

HEX

3,0

3,5

U.parvum / U.urealyticum
Тест «U.p./U.u.»

Ureaplasma parvum

FAM

3,5

3,5

Ureaplasma urealyticum

HEX

3,5

3,5

M.hominis/ G.vaginalis
Тест «M.h./G.v.»

Mycoplasma hominis

FAM

3,5

3,5

Gardnerella vaginalis

HEX

3,5

3,5

 

 

Таблица 4

Настройки тестов: пороговые значения для ВКО
при использовании наборов серии «МУЛЬТИПРАЙМ»

Тесты (наборы)

Канал для регистрации амплификации ДНК ВКО

Порог для ВКО

1-я группа – для выявления
3 микроорганизмов

Сy5

3,0

2-я группа – для выявления
2 микроорганизмов

ROX

3,0

Детально процедура проведения флуоресцентной детекции и интерпретации результатов при использовании различных детекторов описана в соответствующем подразделе в разделе «Проведение флуоресцентной детекции и интерпретация результатов при использовании различных ПЦР-детекторов».

ВНИМАНИЕ! До проведения детекции в программное обеспечение ПЦР-детектора должны быть внесены и сохранены соответствующие настройки (см. табл. 2, 3 и 4 и вкладыши к используемым наборам реагентов). Процедура внесения и проверки настроек тестов для различных ПЦР-детекторов описана в разделе «Проведение флуоресцентной детекции и интерпретация результатов при использовании различных ПЦР-детекторов».

ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ

Полученные результаты интерпретируют на основании данных об уровне флуоресцентного сигнала относительно фона по соответствующим каналам для контрольных образцов и проб ДНК, полученных путем экстракции из клинических образцов. Интерпретация производится автоматически с помощью программного обеспечения используемого прибора и заданных в нем предварительно настроек теста, назначенного при проведении детекции.
При использовании комплектов реагентов для выявления ДНК одного микроорганизма принцип интерпретации результатов следующий:

  • ДНК микроорганизма обнаружена, если для данной пробы сигнал по каналу FAM выше установленного порогового значения положительного результата.
  • ДНК микроорганизма не обнаружена, если для данной пробы сигнал по каналу FAM ниже установленного порогового значения отрицательного результата, а сигнал по каналу HEX выше установленного порогового значения.
  • Результат анализа невалидный, если для данной пробы сигнал по каналу FAM ниже установленного порогового значения отрицательного результата и сигнал по каналу HEX ниже установленного порогового значения.
  • Результат анализа сомнительный, если для данной пробы сигнал по каналу FAM выше установленного порогового значения отрицательного результата, но ниже порогового значения положительного результата (сигнал находится между пороговыми значениями).

Если для пробы получен невалидный или сомнительный результат, требуется повторить ПЦР-исследование соответствующего клинического образца.
Результат ПЦР-исследования считается достоверным, если получены правильные результаты для положительного и отрицательного контролей амплификации и отрицательного контроля экстракции ДНК, в соответствии с табл. 5.

Таблица 5

Результаты для контролей различных этапов ПЦР-анализа

Контроль

Контролируемый этап ПЦР-исследования

Сигнал по каналу

Обозначение результата в программах некоторых детекторов

FAM

HEX

B-

Экстракция ДНК

Ниже порогового значения отрицательного результата

Выше порогового значения

«-» или «ОК»

К-

ПЦР

Ниже порогового значения отрицательного результата

Ниже порогового значения

«нд» или «ОК»

K+

ПЦР

Выше порогового значения положительного результата

Выше порогового значения

«+» или «ОК»

Возможные ошибки и их устранение
1. Если для положительного контроля ПЦР (К+) сигнал по каналу FAM ниже порогового значения положительного результата, необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех проб, в которых не обнаружена ДНК микроорганизма.
2. Если для отрицательного контроля экстракции ДНК (В-) и/или отрицательного контроля ПЦР (К-) сигнал по каналу FAM выше порогового значения положительного результата, необходимо повторить ПЦР-исследование для всех образцов, в которых обнаружена ДНК данного микроорганизма, начиная с этапа экстракции ДНК.
ВНИМАНИЕ! Если для отрицательного контроля экстракции ДНК (В-) и/или отрицательного контроля ПЦР (К-) повторно получен сигнал, превышающий пороговое значение положительного результата, причиной этого может являться контаминация рабочих зон лаборатории и (или) реагентов продуктами амплификации или ДНК микроорганизмов. В таком случае необходимо провести мероприятия, направленные на выявление и устранение возможной контаминации рабочих зон лаборатории и реагентов.

При использовании комплектов реагентов серии «МУЛЬТИПРАЙМ»
принцип интерпретации результатов следующий:

  • ДНК микроорганизма обнаружена, если для данной пробы сигнал по каналу, назначенному для регистрации результатов амплификации ДНК данного микроорганизма, выше установленного порогового значения положительного результата.
  • ДНК микроорганизма не обнаружена, если для данной пробы сигнал по каналу, назначенному для регистрации результатов амплификации ДНК данного микроорганизма, ниже установленного порогового значения отрицательного результата, а сигнал по каналу для регистрации результатов амплификации ДНК ВКО выше установленного порогового значения.
  • Результат анализа невалидный, если для данной пробы сигнал по каналам, назначенным для регистрации результатов амплификации ДНК выявляемых микроорганизмов, ниже установленных для этих каналов пороговых значений отрицательного результата и сигнал по каналу для регистрации результатов амплификации ДНК ВКО ниже установленного порогового значения.
  • Результат анализа сомнительный в отношении присутствия ДНК определенного микроорганизма, если для данной пробы сигнал по каналу для регистрации результатов амплификации ДНК данного микроорганизма выше установленного порогового значения отрицательного результата, но ниже порогового значения положительного результата (сигнал находится между пороговыми значениями).

Если для пробы получен невалидный или сомнительный результат, требуется повторно провести амплификацию и детекцию или исследование соответствующего клинического образца, начиная с этапа экстракции ДНК.
Результат ПЦР-исследования считается достоверным, если получены правильные результаты для положительного и отрицательного контролей амплификации и отрицательного контроля экстракции ДНК, в соответствии с табл. 6.

Таблица 6

Результаты для контролей различных этапов ПЦР-анализа
при использовании наборов серии «МУЛЬТИПРАЙМ»


Контроль

Контролируе-мый этап ПЦР-исследования

Сигнал

Обозначение результата
в программах некоторых детекторов

по каналам
для регистрации результата амплификации ДНК микроорганизмов

по каналу
для регистрации результата амплификации
ДНК ВКО

B-

Экстракция ДНК

Ниже порогового значения отрицательного результата

Выше порогового значения

«-» или «ОК»

К-

ПЦР

Ниже порогового значения отрицательного результата

Ниже порогового значения

«нд» или «ОК»

K+

ПЦР

Выше порогового значения положительного результата

Выше порогового значения

«+» или «ОК»

Возможные ошибки и их устранение
1. Если для положительного контроля ПЦР (К+) сигнал по одному или нескольким каналам для регистрации результатов амплификации фрагмента ДНК выявляемых микроорганизмов (FAM и/или HEX, и/или ROX) ниже порогового значения положительного результата, необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов, для которых сигнал по этому каналу (каналам) ниже порогового значения положительного результата.
2. Если для отрицательного контроля экстракции ДНК (В-) и/или отрицательного контроля ПЦР (К-) сигнал по одному или нескольким каналам для регистрации результатов амплификации фрагмента ДНК выявляемых микроорганизмов выше порогового значения положительного результата, необходимо повторить ПЦР-исследование для всех образцов, для которых сигнал по этим каналам выше порогового значения положительного результата.

ВНИМАНИЕ! Если для отрицательного контроля экстракции ДНК (В-) и/или отрицательного контроля ПЦР (К-) повторно получен сигнал, превышающий пороговое значение положительного результата по одному или нескольким каналам для регистрации результатов амплификации фрагментов ДНК выявляемых микроорганизмов, причиной этого может являться контаминация рабочих зон лаборатории и (или) реагентов продуктами амплификации или ДНК микроорганизмов. В таком случае необходимо провести мероприятия, направленные на выявление и устранение возможной контаминации рабочих зон лаборатории и реагентов.

ПРОВЕДЕНИЕ ФЛУОРЕСЦЕНТНОЙ ДЕТЕКЦИИ И ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ПРИ ИСПОЛЬЗОВАНИИ РАЗЛИЧНЫХ ПЦР-ДЕТЕКТОРОВ

Проведение флуоресцентной детекции и интерпретация результатов при использовании прибора «АЛА-1/4»

Детекция с помощью флуоресцентного ПЦР-детектора (автоматического люминесцентного анализатора) «АЛА-1/4» проводится согласно описанию в «Руководстве пользователя» данного прибора. Перед началом работы необходимо ввести и сохранить в программе «ALA1» настройки тестов с пороговыми значениями для используемых наборов реагентов в соответствии с таблицами 2 и 3.

Для программы ALA1 версии 5.1.0 и выше

Настройки теста можно просмотреть и при необходимости изменить, выбрав в главном меню программы закладки «Настройки», затем «Настройка тестов». После введения изменений для их сохранения следует нажать кнопку «Сохранить». Можно импортировать готовый пакет настроек тестов, воспользовавшись соответствующим файлом на специальном диске или на сайте производителя наборов реагентов. Для этого можно использовать меню «Настройки», затем «Импорт тестов».

А. Проведение флуоресцентной детекции
  1. Включить прибор и запустить программу «ALA1» на компьютере, присоединенном к прибору.
  2. Задать протокол детекции, выбрав в панели меню кнопку «Новый протокол» . Выбрать соответствующий тип ротора (48 х 0,2 или 36 х 0,5).
    1. Для загрузки протокола детекции из ЛИС выбрать кнопку «Из ЛИС» (при этом должен быть выбран вариант «с поддержкой ЛИС» в подменю «Работа»).
    2. Для создания протокола детекции выбрать нужный тест в списке тестов в меню и нажать кнопку «Добавить». Затем в графе «Количество образцов» указать количество образцов без контролей «В-», «К+» и «К-» и пробирок «Фон» и нажать кнопку «Добавить». Указать количество пробирок «Фон», выбрав нужный вариант. Ввести последовательность детектируемых образцов в колонке «Наименование образца» и указать контрольные образцы с помощью кнопок «В-», «К+» и «К-». Нажать кнопку «ОК», затем «Сохранить».
  3. Поставить пробирки в ячейки предварительно снятого ротора прибора «АЛА-1/4» в соответствии с заданной последовательностью, установить ротор в модуль прибора, закрепив его фиксатором, и закрыть крышку. Запустить детекцию, нажав кнопку «Измерить» в панели активных кнопок (вверху экрана). По окончании детекции на экран будет выведена таблица результатов. Повторно открыть таблицу результатов можно, нажав кнопку «Результаты» в панели активных кнопок.
  4. Если в одном протоколе проводится детекция большего, чем число ячеек в роторе, числа образцов, то после окончания детекции серии из 36 (48) образцов извлеките ротор, поместите в его ячейки следующую серию образцов, поместите ротор в прибор и для продолжения детекции нажмите кнопку «Продолжить» в окне программы.
  5. Результаты детекции сохраняются автоматически в виде файла с названием, включающим дату и время детекции в директории ALA1/Result. Можно дополнительно сохранить файл результатов с другим именем или в другую директорию, выбрав в панели меню кнопку «Сохранить» и указав название для файла результатов (и нужную директорию). При работе с поддержкой ЛИС для передачи результатов в ЛИС нажать кнопку «Передать в ЛИС» .
Б. Интерпретация результатов

Полученные данные интерпретируются программой автоматически, результат указан в графе Результат.

Интерпретация результатов, полученных при использовании наборов для выявления ДНК одного микроорганизма

1.1 Для образцов, в которых обнаружена ДНК выявляемого микроорганизма, в графе результатов указано «Обнаружено».
1.2 Для образцов, в которых не обнаружена ДНК данного микроорганизма, в графе результатов указано «Не обнаружено».
1.3 Для образцов, для которых получен сигнал, который нельзя однозначно интерпретировать, указан результат «Сомнительно» (на сером фоне).
1.4 Для образцов, для которых получен невалидный результат, указан результат «Невалидный» (на светло-желтом фоне).
Если для образца получен невалидный или сомнительный результат, требуется повторно провести амплификацию и детекцию или повторить исследование соответствующего клинического образца, начиная с этапа экстракции ДНК.
Результат ПЦР-исследования считается достоверным, если получены правильные результаты для положительного и отрицательного контролей амплификации и отрицательного контроля экстракции ДНК (в соответствии с табл. 7).
Таблица 7
Результаты для контролей различных этапов ПЦР-анализа


Контроль

Контролируемый этап ПЦР-анализа

Результат – обозначение
в программе «
ALA

В-

Экстракция ДНК

«ОК»

К-

ПЦР

«ОК»

К+

ПЦР

«ОК»

Пример полученных результатов:

Интерпретация результатов, полученных при использовании наборов серии «МУЛЬТИПРАЙМ»

1.1 Для образцов, в которых обнаружена ДНК одного или нескольких микроорганизмов, в графе результатов указано «Обнаружено (названия обнаруженных микроорганизмов)». Микроорганизмы, ДНК которых обнаружены в данной образце, перечислены в скобках в графе результатов. ДНК микроорганизмов, которые не указаны в графе результатов, в данном образце не обнаружены.
1.2 Для образцов, в которых не обнаружены ДНК ни одного из анализируемых микроорганизмов, в графе результатов указано «Не обнаружено».
1.3 Для образцов, для которых получен сомнительный результат в отношении ДНК определенного микроорганизма, указан результат «Сомнительно (название микроорганизма)» (на сером фоне).
1.4 Для образцов, для которых получен невалидный результат, указан результат «Невалидный» (на светло-желтом фоне).
Если для образца получен невалидный или сомнительный результат, требуется повторно провести амплификацию и детекцию или повторить исследование соответствующего клинического образца, начиная с этапа экстракции ДНК.
Результат ПЦР-исследования считается достоверным, если получены правильные результаты для положительного и отрицательного контролей амплификации и отрицательного контроля экстракции ДНК (в соответствии с табл. 8).

Таблица 8

Результаты для контролей различных этапов ПЦР-анализа


Контроль

Контролируемый этап ПЦР-анализа

Результат – обозначение
в программе «
ALA

В-

Экстракция ДНК

«ОК»

К-

ПЦР

«ОК»

К+

ПЦР

«ОК»

Пример полученных результатов:
Результаты, полученные при использовании набора «АмплиСенс® C.trachomatis/Ureaplasma-МУЛЬТИПРАЙМ-FL»


Для программы ALA1 версии до 5.1.0

Настройки теста можно просмотреть и при необходимости изменить, выбрав в главном меню программы закладки «Настройки», затем «Список тестов».
Для сохранения изменений следует нажать кнопку «Сохранить».

А. Проведение флуоресцентной детекции
    1. Включить прибор и запустить программу «ALA1» на компьютере, присоединенном к прибору.
    2. Задать протокол измерения, выбрав в верхнем меню «Протокол», «Создать новый». Выбрать соответствующий тип ротора (48 х 0,2 или 36 х 0,5). Выбрать нужный тест в списке тестов в меню. Ввести последовательность детектируемых образцов и фоновых образцов в колонке «Образец». Закрыть окно редактирования протокола детекции.
    3. В качестве образца (образцов), обозначенного «ФОН», использовать образец (образцы) «Фон» (для того, чтобы обозначить образец «ФОН» в графе «Образец», используется сочетание клавиш «Ctrl» + «F»).
    4. Поставить пробирки в ячейки предварительно снятого ротора прибора «АЛА-1/4» в соответствии с заданной последовательностью, установить ротор в модуль прибора, закрепив его фиксатором, и закрыть крышку. Запустить измерение с помощью значка детекции в панели активных кнопок (вверху экрана) или выбрав в меню пункт «Протокол», затем «Детекция».
    5. Если в одном протоколе проводится детекция большего, чем число ячеек в роторе, числа образцов, то после окончания детекции серии из 36 (48) образцов извлечь ротор, поместить в его ячейки следующую серию образцов, поместить ротор в прибор и для продолжения детекции нажать кнопку «Продолжить» в окне программы.
    6. По окончании детекции на экран будет выведена таблица результатов. Следует сохранить полученные результаты, выбрав в верхнем меню «Файл», затем «Сохранить как» и ввести имя файла.
Б. Интерпретация результатов

Полученные данные интерпретируются программой автоматически.

Результаты автоматической интерпретации указаны в таблице на экране (колонка «1» при использовании наборов для выявления одного микроорганизма, колонки «1», «2» и «3» при использовании наборов серии «МультиПрайм»). Знак * - сокращенное обозначение выявляемого микроорганизма.

1. Для образцов, в которых обнаружена ДНК данного микроорганизма, в соответствующей графе указано «* - обнаружено» (на лиловом фоне).
2. Для образцов, в которых не обнаружена ДНК данного микроорганизма, в соответствующей графе указано «* - не обнаружено» (на голубом фоне).
3. Для образцов, для которых получен сомнительный результат, указано «* - сомнительно».
4. Для образцов, для которых получен невалидный результат, указан знак
«* - нд» на желтом фоне.
Если для образца получен невалидный или сомнительный результат, требуется повторно провести амплификацию и детекцию или повторить исследование соответствующего клинического образца, начиная с этапа экстракции ДНК.
Результат ПЦР-исследования считается достоверным, если получены правильные результаты для положительного и отрицательного контролей амплификации и отрицательного контроля экстракции ДНК (в соответствии с табл. 9).

Таблица 9

Результаты для контролей различных этапов ПЦР-анализа


Контроль

Контролируемый этап ПЦР-анализа

Результат

В-

Выделение ДНК

«* - не обнаружено»

К-

ПЦР

«* - нд» (отрицательный)

К+

ПЦР

«* - обнаружено»


Примеры полученных результатов:
Результаты, полученные при использовании набора для выявления одного микроорганизма.
- Результат для отрицательных контрольных образцов «B-» и «К-» - отрицательный. Результат для положительного контрольного образца «К+» - положительный. Результаты для исследуемых образцов учитывают как достоверные.
- В образцах 2, 6, 8, 10 и 13 обнаружена ДНК выявляемого микроорганизма.
- В остальных образах не обнаружена ДНК выявляемого микроорганизма.


 

Результаты, полученные при использовании набора серии «МультиПрайм» «АмплиСенс® C.trachomatis/ Ureaplasma-FL»

- Результат для отрицательных контрольных образцов «ОКО» и «К-» - отрицательный. Результат для положительного контрольного образца «К+» - положительный. Результаты контролей соответствуют требуемым. Результаты для исследуемых образцов учитывают как достоверные.
- В образцах 85 и 86 обнаружена ДНК Chlamydia trachomatis
- В образцах 95 и 96 обнаружены ДНК Chlamydia trachomatis и Ureaplasma spp.
- В образце 91 не обнаружены ДНК анализируемых микроорганизмов

Проведение флуоресцентной детекции и интерпретация результатов при использовании приборов «ДЖИН» или «ДЖИН-4»

Детекция с помощью флуоресцентного ПЦР-детектора «Джин» проводится согласно описанию в «Паспорте детектора ПЦР флуоресцентного Джин». Перед началом работы необходимо ввести и сохранить в программе «Gene» настройки тестов (пороговые значения) для используемых комплектов реагентов в соответствии с табл. 2 или 3.
Настройки теста можно просмотреть или изменить, выбрав меню «Настройки», затем «Список тестов» в главном меню программы. Если пороговые значения не соответствуют указанным для данного теста в табл. 2 или 3 и во вкладыше к используемому набору, требуется ввести соответствующие значения и сохранить измененные настройки.
Примеры настроек теста в программе «Gene 4.4»:
Настройки теста для выявления одного микроорганизма



Пример настроек теста серии «МультиПрайм» в программе «Gene 4.4». Тест Ch.t./Ure /M.gen. для работы с набором «АмплиСенс® C.trachomatis/ Ureaplasma/ M.genitalium-FL»




А. Проведение детекции
  • Включить прибор и запустить программу «Gene» на компьютере, присоединенном к прибору.
  • Задать протокол измерения. Ввести количество детектируемых образцов (включая фоновые пробирки), выбрать нужный тест из списка в графе «Тест», нажать кнопку «OK» и ввести последовательность детектируемых образцов (в колонке «Образец»).
  • В качестве образца, обозначенного «ФОН», использовать контрольный образец «Фон».
  • Поставить пробирки в ячейки модуля прибора «Джин» в соответствии с заданной последовательностью (сначала первые 12 образцов) и запустить детекцию результатов ПЦР, нажав в меню соответствующую кнопку со значком .
  • По окончании детекции первой группы поставить следующую группу пробирок и продолжить измерения, нажав кнопку «OK». По окончании детекции вынуть пробирки и нажать кнопку «OK».
  • Сохранить полученные результаты в виде файла, выбрав в меню значок сохранения результатов .
 
Б. Интерпретация результатов
Интерпретация результатов, полученных при использовании наборов для выявления ДНК одного микроорганизма

Полученные данные интерпретируются автоматически с помощью программы «Gene» - колонка Результат на экране.

  • Для образцов, в которых обнаружена ДНК данного микроорганизма (положительные), в графе результатов указан знак «+» на красном фоне.
  • Для образцов, в которых не обнаружена ДНК данного микроорганизма (отрицательные), в графе результатов указан знак «-» на зеленом фоне.
  • Для образцов, для которых получен сомнительный результат, в графе результатов указан знак «?» на желтом фоне (получен сигнал, который нельзя однозначно интерпретировать).
  • Для образцов, для которых получен невалидный результат, в графе результатов указан знак «нд» на желтом фоне.

Если для образца получен невалидный или сомнительный результат, требуется повторно провести амплификацию и детекцию или повторить исследование соответствующего клинического образца, начиная с этапа экстракции ДНК.
Результат ПЦР-исследования считается достоверным, если получены правильные результаты для положительного и отрицательного контролей амплификации и отрицательного контроля экстракции ДНК (в соответствии с табл. 10).

Таблица 10

Результаты для контролей различных этапов ПЦР-анализа


Контроль

Контролируемый этап ПЦР-анализа

Результат

В-

Экстракция ДНК

«-» (отрицательный)

К-

ПЦР

«нд» (отрицательный)

К+

ПЦР

«+» (положительный)

Пример результатов при использовании набора
для выявления одного микроорганизма


- Результат для отрицательных контрольных образцов «B-» и «К-» - отрицательный, для образца «В-» регистрируется амплификация ДНК ВКО. Результат для положительного контрольного образца «К+» - положительный. Результаты для исследуемых образцов учитывают как достоверные.
В образцах 1 и 3 обнаружена ДНК выявляемого микроорганизма.
В образцах 2 и 5 не обнаружена ДНК выявляемого микроорганизма.
Для образца 4 получен невалидный результат, требуется повторить анализ.

Интерпретация результатов, полученных при использовании наборов серии «МУЛЬТИПРАЙМ»

Полученные данные по каждому каналу интерпретируются автоматически с помощью программы «Gene» – колонки FAM, HEX, ROX и Cy5 на экране.
Интерпретация результатов проводится в соответствии с назначением каналов для регистрации сигнала об амплификации фрагментов ДНК выявляемых микроорганизмов и ВКО, согласно инструкции, а также табл. 12 и 13.
1. В образце обнаружена ДНК определенного микроорганизма, если в графе результатов по каналу для регистрации результатов амплификации ДНК данного микроорганизма указан знак «+» на красном фоне.
2. В образце не обнаружена ДНК данного микроорганизма, если в графе результатов по каналу для регистрации сигнала об амплификации ДНК данного микроорганизма указан знак «-» на зеленом фоне.
3. Результат анализа образца сомнительный в отношении присутствия ДНК определенного микроорганизма, если в графе сигнала об по каналу для регистрации результатов амплификации ДНК данного микроорганизма указан знак «?» на желтом фоне.
4. Результат анализа образца невалидный, если указан знак «нд» на желтом фоне в графах результатов по всем каналам для регистрации результатов амплификации ДНК выявляемых микроорганизмов.
Если для образца получен невалидный или сомнительный результат, требуется повторно провести амплификацию и детекцию или повторить исследование соответствующего клинического образца, начиная с этапа экстракции ДНК.
Результат ПЦР-исследования считается достоверным, если получены правильные результаты для положительного и отрицательного контролей амплификации и отрицательного контроля экстракции ДНК, в соответствии с табл. 11.

Таблица 11

Результаты для контролей различных этапов ПЦР-анализа


Контроль

Контролируемый этап
ПЦР-анализа

Результат по каналам
для регистрации сигнала об амплификации
ДНК микроорганизмов

Результат по каналу
для регистрации сигнала об амплификации
ДНК ВКО

В-

Экстракция ДНК

«-» (отрицательный)

«+»

К-

ПЦР

«нд» (отрицательный)

«-»

К+

ПЦР

«+» (положительный)

«+»


Назначение каналов для регистрации сигнала об амплификации фрагментов ДНК выявляемых микроорганизмов и ВКО (для наборов группы 1)

Набор (тест)
группа 1

Канал

FAM

HEX

ROX

Cy5

C.trachomatis/Ureaplasma/ M.genitalium
(C.t./Ure/M.g.)

Chlamydia trachomatis

Ureaplasma spp.

Mycoplasma genitalium

ВКО

C.trachomatis/Ureaplasma / M.hominis
(C.t./Ure/M.h.)

Chlamydia trachomatis

Ureaplasma spp.

Mycoplasma hominis

ВКО

N.gonorrhoeae/ C.trachomatis/
M.genitalium
(N.g./C.t./ M.g.)

 

Neisseria
gonorrhoeae

 

Chlamydia trachomatis

 

Mycoplasma genitalium

 

ВКО

Таблица 13
Назначение каналов для регистрации сигнала об амплификации фрагментов ДНК выявляемых микроорганизмов и ВКО (для наборов группы 2)

Набор (тест)
группа 2 – «дуплексы»

Канал

FAM

HEX

ROX

U. parvum / U. Urealyticum
(U.p./U.u.)

Ureaplasma parvum

Ureaplasma urealyticum

ВКО

HSV –typing
(HSV –typing)

HSV II

HSV I

ВКО

T.vaginalis / N.gonorrhoeae
(T.v./N.g.)

Trichomonas vaginalis

Neisseria
gonorrhoeae

ВКО

C.trachomatis/M.genitalium
(C.t./M.g.)

Chlamydia trachomatis

Mycoplasma genitalium

ВКО

C.trachomatis/Ureaplasma
(C.t./Ure)

Chlamydia trachomatis

Ureaplasma spp.

ВКО

M.hominis /G.vaginalis
(M.h./G.v.)

Mycoplasma hominis

Gardnerella vaginalis

ВКО

HSV / CMV

HSV

CMV

ВКО

Пример результатов при использовании наборов серии «МультиПрайм»:
Результаты, полученные с использованием набора «АмплиСенс® C.trachomatis/Ureaplasma/ M.genitalium-МУЛЬТИПРАЙМ-FL»



- Результат для отрицательных контрольных образцов «B-» и «К-» - отрицательный, результат для положительного контрольного образца «К+» - положительный, что соответствует таблице правильных результатов для контролей. Результаты для исследуемых образцов считают достоверными.
- В образцах 1, 4 и 7 не обнаружены ДНК ни одного из выявляемых микроорганизмов. Для них регистрируется положительный результат амплификации ДНК ВКО по каналу Cy5.
- В образце 2 обнаружены ДНК микроорганизма, для которого результаты амплификации регистрируются по каналу FAM (здесь – Chlamydia trachomatis), и ДНК микроорганизма, для которого результаты амплификации регистрируются по каналу HEX (здесь – Ureaplasma spp.)
- В образце 3 обнаружена ДНК микроорганизма, для которого результаты амплификации регистрируются по каналу HEX (здесь – Ureaplasma spp.)
- В образце 5 обнаружены ДНК микроорганизма, для которого результаты амплификации регистрируются по каналу HEX (здесь – Ureaplasma spp.), и ДНК микроорганизма, для которого результаты амплификации регистрируются по каналу ROX (здесь - Mycoplasma hominis).
- Для образца 6 получен невалидный результат (не регистрируется амплификация ни ДНК ВКО, ни ДНК микроорганизмов).

Проведение флуоресцентной детекции и интерпретация результатов при использовании приборов «Rotor-Gene» 6000 или «Rotor-Gene Q»

Для проведения флуоресцентной детекции по «конечной точке» с использованием прибора «Rotor-Gene» 6000 или «Rotor-Gene Q» и анализа результатов следует использовать русифицированную программу «Rotor-Gene» 6000 версии 1.8.17.5 (или выше).
Для анализа и интерпретации результатов используется меню АмплиСенс-FEPв меню Анализ и шаблоны, содержащие настройки тестов (пороговые значения и назначение каналов) для используемых комплектов реагентов. Назначение каналов для регистрации сигнала об амплификации фрагментов ДНК выявляемых микроорганизмов и ВКО описано в табл. 14 и 15.
А. Проведение флуоресцентной детекции

  1. Запрограммировать прибор «Rotor-Gene» 6000 для выполнения программы детекции флуоресцентного сигнала «FEP-RG» (см. таблицу).

Программа «FEP-RG»


Цикл блок

температура

время

Кол-во циклов блока

1

35 °С

20 с

1

2

35 °С

20 с
*детекция флуоресц. сигнала

3

* Детекция флуоресцентного сигнала по каналам Green, Yellow, Orange, Red.

  1. Задать автоматическую калибровку для выбора параметра Уровень сигнала. Для этого в окне Установки каналов выбрать Опт. уровня сигн. В открывшемся окне Авто-оптимизация уровня сигнала нажать кнопку Опт. Детек-мых, пометить галочкой бокс в строке «Выполнить оптимизацию при 1-м шаге детекции». Для всех каналов (Green, Yellow, OrangeиRed) нужно указать в графе Миним. Сигнал значение 2, а в графе Максим. Сигнал значение 4. В графе Позиция пробирки должен быть указан номер 1. По пробирке в этой 1-й позиции в роторе будет автоматически выбран параметр Уровень сигнала. Закрыть окно Авто-оптимизация уровня сигнала.
  2. Рекомендуется сохранить шаблон, запрограммированный в соответствии с пп.1-2, в виде файла-шаблона FEP ИППП, который можно использовать для быстрого запуска флуоресцентной детекции по «конечной точке».
  3. Установить в ячейки ротора пробирки одной группы, для которых выполнялся один и тот же тест (с использованием одного комплекта реагентов). В первую позицию в роторе следует поместить пробирку «Фон» для данной группы детектируемых проб.
  4. Задать таблицу образцов, обозначив в ней пробирки «Фон» типом образца «Контроль-Фон», а все остальные образцы типом «Образец». В графе «Группа» ввести обозначение группы (краткое название теста). Задать таблицу образцов можно и после проведения детекции.
  5. Установить ротор с фиксирующим кольцом в прибор и закрыть крышку прибора.
  6. Запустить выполнение программы детекции флуоресцентного сигнала.
  7. По окончании выполнения программы детекции приступить к анализу и интерпретации результатов.

Б. Анализ результатов

  1. Перед анализом и интерпретацией результатов необходимо убедиться, что в таблице образцов для всех анализируемых образцов задана группа и обозначен тип «Контроль-Фон» для пробирок «Фон» для данной группы.
  2. Открыть меню Анализ, выбрать вкладку Другие и в списке выбрать АмплиСенс-FEP.
  3. Выделить одновременно все используемые для данного теста каналы: Green и Yellowдля тестов для выявления ДНК одного микроорганизма и Green, Yellow, Orange и Red (если используется) для тестов серии «МУЛЬТИПРАЙМ». Нажать кнопку Показать.
  4. При использовании готового шаблона учета результатов импортировать установки, сохраненные в файле шаблона, нажав кнопку Импорт и выбрав в списке файловсоответствующий тесту файл шаблона учета результатов с расширением «.ena». Для всех тестов для выявления ДНК одного микроорганизма используется файл шаблона ИППП-моно.ena, для теста U.urealyticum/U.parvum– файл U.urealyticum-U.parvum.ena, для теста HSV-typing – файл HSV-typing.ena.После импорта готового файла шаблона перейти к п. 7.
  5. В меню Пороги (под таблицей образцов) нажать кнопку Правка и установить пороги для каждого канала: для каналов GreenиYellow порог 4.0, для канала Orange(если используется)– порог 4.0,для каналаRed(если используется) – порог 3.0.

  1. В меню Генотипы в основном окне(над графиком) задать таблицу интерпретации результатов для каждой комбинации результатов по каждому каналу для используемого теста и нажать кнопку OK. Для всех тестов для выявления ДНК одного микроорганизма используется общая таблица интерпретации результатов, соответствующая таблице. Эта таблица дана в шаблоне ИППП-моно.ena.

Для тестов серии «МУЛЬТИПРАЙМ» используются соответствующие таблицы интерпретации результатов, заданные согласно назначению каналов в табл. 14 и 15, аналогично примерам, представленным ниже. Таблицы интерпретации для каждого теста даны в соответствующих файлах-шаблонах.

В полученной таблице Результаты АмплиСенс-FEP анализа для каждого образца будет указан полученный результат в соответствующей ячейке в графе Результат.

Назначение каналов для регистрации сигнала об амплификации фрагментов ДНК выявляемых микроорганизмов и ВКО

Набор (тест)
группа 1

Канал

Green

Yellow

Orange

Red

C.trachomatis/Ureaplasma/ M.genitalium
(C.t./Ure/M.g.)

Chlamydia trachomatis

Ureaplasma spp.

Mycoplasma genitalium

ВКО

C.trachomatis/Ureaplasma/ M.hominis
(C.t./Ure/M.h.)

Chlamydia trachomatis

Ureaplasma spp.

Mycoplasma hominis

ВКО

N.gonorrhoeae/ C.trachomatis/
M.genitalium
(N.g./C.t./ M.g.)

 Neisseria
gonorrhoeae

 Chlamydia trachomatis

Mycoplasma genitalium

ВКО

Таблица 15

Назначение каналов для регистрации сигнала об амплификации фрагментов ДНК выявляемых микроорганизмов и ВКО


Набор (тест)
группа 2 – «дуплексы»

Канал

Green

Yellow

Orange

U. parvum / U. Urealyticum
(U.p./U.u.)

Ureaplasma parvum

Ureaplasma urealyticum

ВКО

HSV –typing
(HSV –typing)

HSV II

HSV I

ВКО

T.vaginalis / N.gonorrhoeae
(T.v./N.g.)

Trichomonas vaginalis

Neisseria
gonorrhoeae

ВКО

C.trachomatis/M.genitalium
(C.t./M.g.)

Chlamydia trachomatis

Mycoplasma genitalium

ВКО

C.trachomatis/Ureaplasma
(C.t./Ure)

Chlamydia trachomatis

Ureaplasma spp.

ВКО

M.hominis /G.vaginalis
(M.h./G.v.)

Mycoplasma hominis

Gardnerella vaginalis

ВКО

HSV / CMV

HSV

CMV

ВКО

Примеры интерпретации результатов для разных тестов.
Таблица интерпретации результатов для шаблона ИППП-моно

Таблица интерпретации результатов для шаблона теста HSV-typing

 

Таблица интерпретации результатов для шаблона теста C.trachomatis / Ureaplasma /M.genitalium

Генотип

Каналы детекции

Каналы детекции

Каналы детекции

Каналы детекции

Не обнаружено

 


 


Cycling A.Red

 


НД

 


 


 


 


Chl.trachomatis

Cycling A.Green

 


Cycling A.Red

 


Chl.trachomatis

Cycling A.Green

 


 


 


Ureapalsma spp.

 


 


Cycling A.Red

Cycling A.Yellow

Ureapalsma spp.

 


 


 


Cycling A.Yellow

Myc.genitalium

 


Cycling A.Orange

Cycling A.Red

 


Myc.genitalium

 


Cycling A.Orange

 


 


Chl.trachomatis, Myc.genitalium,
Ureapalsma spp.

Cycling A.Green

Cycling A.Orange

Cycling A.Red

Cycling A.Yellow

Chl.trachomatis, Myc.genitalium,
Ureapalsma spp

Cycling A.Green

Cycling A.Orange

 


Cycling A.Yellow

Chl.trachomatis, Ureapalsma spp.

Cycling A.Green

 


Cycling A.Red

Cycling A.Yellow

Chl.trachomatis, Ureapalsma spp.

Cycling A.Green

 


 


Cycling A.Yellow

Chl.trachomatis, Myc.genitalium

Cycling A.Green

Cycling A.Orange

Cycling A.Red

 


Chl.trachomatis, Myc.genitalium

Cycling A.Green

Cycling A.Orange

 


 


Myc.genitalium,
Ureapalsma spp.

 


Cycling A.Orange

Cycling A.Red

Cycling A.Yellow

Myc.genitalium,
Ureapalsma spp.

 


Cycling A.Orange

 


Cycling A.Yellow

В. Интерпретация результатов

Полученные данные интерпретируются программой автоматически c использованием настроек теста в выбранном для анализа шаблоне, результат указан в графе Результат.

Интерпретация результатов, полученных при использовании наборов для выявления ДНК одного микроорганизма

1.1 Для образцов, в которых обнаружена ДНК выявляемого микроорганизма, в графе результатов указано «Обнаружено».
1.2 Для образцов, в которых не обнаружена ДНК данного микроорганизма, в графе результатов указано «Не обнаружено».
1.3 Для образцов, для которых получен невалидный результат, указано обозначение «НД».
Если для образца получен невалидный результат, требуется повторно провести амплификацию и детекцию или повторить исследование соответствующего клинического образца, начиная с этапа экстракции ДНК.
Результат ПЦР-исследования считается достоверным, если получены правильные результаты для положительного и отрицательного контролей амплификации и отрицательного контроля экстракции ДНК в соответствии с табл. 16.

Таблица 16

Результаты для контролей различных этапов ПЦР-анализа


Контроль

Контролируемый этап
ПЦР-анализа

Результат
в программе
«
Rotor-Gene»

Результат
по каналу

Green

Результат по каналу
Yellow

В-

Экстракция ДНК

Не обнаружено

Нет реакции

Реакция

К-

ПЦР

НД

Нет реакции

Нет реакции

К+

ПЦР

ОБНАРУЖЕНО

Реакция

Реакция

Интерпретация результатов, полученных при использовании наборов серии «МУЛЬТИПРАЙМ»

1.1 Для образцов, в которых обнаружены ДНК одного или нескольких анализируемых микроорганизмов, в графе Результат перечислены обнаруженные микроорганизмы (сокращенные обозначения).
Примечание. Рекомендуется расширить границы столбца Результат, чтобы видеть все обозначенные в нем результаты.
1.2 Для образцов, в которых не обнаружена ДНК ни одного из анализируемых микроорганизмов, в графе результатов указано «Не обнаружено».
1.3 Для образцов, для которых получен невалидный результат, указано обозначение «НД».
Если для образца получен невалидный результат, требуется повторно провести амплификацию и детекцию или повторить исследование соответствующего клинического образца, начиная с этапа экстракции ДНК.
Результат ПЦР-исследования считается достоверным, если получены правильные результаты для положительного и отрицательного контролей амплификации и отрицательного контроля экстракции ДНК в соответствии с табл. 17.

Таблица 17

Результаты для контролей различных этапов ПЦР-анализа


Контроль

Контролируемый этап
ПЦР-анализа

Результат по всем каналам
для регистрации сигнала об амплификации
ДНК микроорганизмов

В-

Экстракция ДНК

Нет реакции

К-

ПЦР

 

Нет реакции

К+

ПЦР

 

Реакция

Примеры полученных результатов:
Результаты, полученные при использовании набора «АмплиСенс® HSV-typing-FL»

Результаты, полученные при использовании набора «АмплиСенс® C.trachomatis/Ureaplasma/ M.genitalium-МУЛЬТИПРАЙМ-FL»


ВКонтакт Facebook Google Plus Одноклассники Twitter Livejournal Liveinternet Mail.Ru


Назад к списку статей